【要注意】新設法人がインボイス制度に登録するデメリットとは？

2023年10月から本格的に始まったインボイス制度（適格請求書等保存方式）。事業者間の取引において仕入税額控除を受けるためには、発行元が「インボイス発行事業者」として登録している必要があります。

多くの事業者が登録を進めていますが、特に創業直後の新設法人にとっては、制度登録が大きな負担やリスクとなるケースも少なくありません。この記事では、新設法人がインボイス制度に登録することによる具体的なデメリットをボリュームたっぷりで徹底解説します。

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インボイス制度の概要：創業期の法人（新設法人）にどんな影響があるのか？

インボイス制度とは、取引における消費税の仕入税額控除を受けるために、「適格請求書（インボイス）」の発行と保存を義務付ける制度です。インボイスを発行するには、国税庁へ「適格請求書発行事業者」として登録する必要があります。

つまり、創業したばかりの法人（新設法人）でも、取引先からインボイスを求められれば、登録を検討せざるを得ないという実情があります。しかし、その一方で新設法人がこの制度に登録すると、多くの予期せぬデメリットに直面する可能性があります。

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新設法人がインボイス制度に登録する主なデメリット

• ① 消費税の納税義務が発生
• ② 創業期のキャッシュフローを圧迫
• ③ 経理・請求業務が煩雑化
• ④ 免税のメリットを享受できない
• ⑤ 節税の選択肢が狭まる
• ⑥ 社内体制の整備が追いつかない

それぞれを詳しく見ていきましょう。

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① 消費税の納税義務が発生する

本来、法人を新設した場合、資本金が1,000万円未満であれば設立から2年間は消費税の免税事業者として扱われます。これは創業初期の資金確保や設備投資に充てるための大きなメリットです。

しかし、インボイス制度に登録してしまうと、この免税特典が消滅します。登録した瞬間から課税事業者として消費税の納税義務が生じるため、創業直後で利益が出ていない段階でも、納税だけが発生するリスクがあります。

例えば売上が500万円でも、税率10％なら50万円の消費税を請求し、その分を税務署に納める必要が出てきます。これは資金繰りにとって大きなマイナス要素となります。

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② キャッシュフローを悪化させる

創業初期は、人件費・広告費・開業準備費用など、多くの先行投資が必要です。このタイミングでインボイス登録を行い、消費税納税という新たなコストが発生すれば、キャッシュフローは一気に悪化します。

また、売掛金が後払いであるケースも多く、実際の消費税納付タイミングとキャッシュの入金がズレると、資金ショートのリスクさえ生まれます。特に決算期直後の3月・9月は資金繰りが厳しくなる法人が多いため、注意が必要です。

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③ 経理・請求書業務が煩雑になる

インボイスを発行するには、適格請求書に定められた項目（登録番号、税率別の金額、税額など）を記載した請求書を用意する必要があります。これは従来の請求書とは異なり、専用のフォーマットや請求書管理システムを使う必要があるケースが多いです。

また、会計ソフトのバージョンアップや税率設定も必要になるため、創業時の限られたリソースで対応するには限界があります。経理担当者が不在の法人や、代表者が経理を兼任しているような場合には、業務負荷が一気に増大します。

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④ 本来得られる免税のメリットを失う

前述の通り、免税事業者であれば消費税を預かっても納税義務はないため、実質的には「消費税分が収益に加わる」構造となります。これは創業支援として国が設けた制度的優遇ですが、インボイス登録によって放棄することになります。

この免税期間を活かせば、商品価格を抑えて販売促進に活用したり、販促費や広告費に資金を回したりといった柔軟な戦略が可能です。登録してしまうと、こうした余裕がなくなり、経営の自由度が著しく損なわれることになります。

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⑤ 節税の自由度が狭まり、赤字でも納税リスクあり

法人の場合、利益が出ていなければ法人税の納税は発生しません。しかし、インボイス登録をした場合、赤字であっても消費税は納めなければならないため、経営的には非常に厳しい状況に追い込まれます。

これは「消費税＝預り金」とされている制度の性質上、避けられないものです。結果として、赤字経営＋納税義務という最悪のダブルパンチに陥るケースも少なくありません。

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⑥ 社内体制が整っていない状態での複雑な制度対応

創業初期の法人（新設法人）にとって、インボイス制度への対応は社内整備の負荷が大きすぎるという現実があります。請求書管理、税率区分、顧客との契約書変更、仕入先の管理など、すべてにおいて煩雑な業務が伴うのです。

本来、創業時には「営業に集中」「顧客開拓にリソースを投じる」ことが重要ですが、制度対応で多くの時間・人材・コストを割くことになり、本来の成長機会を逃すリスクもあります。

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新設法人がインボイス登録を避けるべきケースとは？

• 売上先が個人や免税事業者で、インボイス発行が求められない
• 初年度は赤字または利益が少ない見込みである
• 社内に経理・会計の担当者がいない
• キャッシュフローに余裕がなく、納税資金が不安

これらのケースでは、無理にインボイス制度に登録しない方が有利です。登録の有無は自由であり、制度開始後も状況に応じて途中からの登録も可能です。

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法人がインボイス制度に登録するメリット

もちろん、インボイス制度に登録することでメリットも存在しています。

① 取引先の仕入税額控除に対応できる

法人が登録すべき最大の理由は、取引先（主に課税事業者）が仕入税額控除を適用できるようにするためです。特に建設業・製造業などBtoB取引が中心の法人は、インボイス発行がビジネス継続の前提となっています。

② 登録していないことで契約打ち切りのリスクを防げる

「非登録事業者からの仕入は税額控除不可」となるため、登録していないことで取引継続を断られる法人も少なくありません。特に下請企業や外注企業は、元請・親会社からの登録要請を無視できない状況です。

③ 信用力・取引先の安心感を高められる

インボイス登録事業者であることは、法令順守の姿勢や税務意識の高さの証明とも取られます。新規取引や資金調達の場でも、有利な材料になり得ます。

④ 将来的な制度強化への備え

今後はインボイス未登録では取引できない業種や補助金対象の制限が出る可能性もあります。早期に対応することで、事業の持続性と安定性を確保することができます。

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まとめ：インボイス登録は「慎重な判断」が必須

新設法人にとって、インボイス制度に登録することは信頼性を高める一方で、大きな負担とリスクを背負う判断でもあります。取引先の要求だけで安易に登録を決めるのではなく、経営状況・資金繰り・業務体制を踏まえて慎重に検討することが重要です。

どうしても取引上の必要がある場合でも、税理士などの専門家と相談し、制度の理解と準備をしっかり整えてから登録することをおすすめします。

インボイス制度は単なる「請求書の変更」ではなく、法人経営における資金・会計・税務の根幹に関わる重要なテーマです。創業期の一歩を成功させるためにも、制度のリスクを正しく理解し、賢い選択をしましょう。

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